Oddělená evidence nákladů na výzkum a vývoj: co říká aktuální rozsudek Nejvyššího správního soudu?

Spor se týkal primárně oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj (VaV). Ze zákona o daních z příjmů vyplývá, že každý poplatník uplatňující odpočet na VaV musí vést oddělenou evidenci, jejímž smyslem je vytvořit úplný soupis všech výdajů vynaložených v rámci projektu VaV, a odlišit tyto výdaje od běžných nákladů poplatníka. Na základě oddělené evidence musí být možné propojit jednotlivé účetní doklady s položkami v evidenci.

V tomto případě společnost uplatnila odpočet na VaV z titulu vynaložení nákladů na projekt vývoje nových modelů topných kotlů. Správce daně zpochybňoval důkazní prostředky, kterými společnost prokazovala, jakou činností a ve kterých dnech se příslušní pracovníci podíleli na projektech VaV. Dále jí vytýkal nedostatky v evidenci materiálových nákladů na prototypy. Společnost s tímto závěrem nesouhlasila, stejně jako krajský soud, který jí v řízení dal za pravdu.

Společnost předložila jmenný seznam vývojových pracovníků, jejich mzdové listy a výkazy práce obsahující ve sledovaném období u každého z nich počet odpracovaných hodin na činnostech VaV v rámci jednotlivých projektů za každý měsíc. Skutečnosti zde uvedené byly také potvrzeny svědeckými výpověďmi zaměstnanců. Materiálové náklady pak byly podloženy výdejkami, na kterých byl uveden typ, množství materiálu a název souvisejícího projektu VaV. Časové údaje na výdejkách odpovídaly postupu prací na tomto projektu. Krom toho bylo doloženo mnoho dalších materiálů prokazujících samotné činnosti na projektech VaV.

Podle správce daně však nebyly předložené důkazní prostředky dostatečné, neboť z nich prý nevyplývalo, jak vypadala konkrétní činnost jednotlivého zaměstnance na VaV za každý jednotlivý den. Požadoval například úkolové listy, které ne všichni zaměstnanci připravovali. Dále správce daně shledával nedostatky v evidenci spotřeby materiálu na výrobu prototypu kotlů. Podle jeho názoru nebylo možné ze skladových výdejek ověřit, že vykazovaný materiál byl skutečně a v tvrzeném množství použit pro výrobu těchto prototypů. Zároveň nebyla předložena kalkulace nákladů na jejich výrobu, na které správce daně po celou dobu trval.

NSS se se závěry správce daně neztotožnil. Podle NSS by důkazní prostředky sice mohly být v některých případech dokonalejší, nicméně v daném případě postačovaly k prokázání vynaložení nákladů na VaV. NSS kvitoval zejména to, že veškeré předložené důkazy spolu korespondovaly a vzájemně si neodporovaly.

Tento případ potvrzuje, že obhájení odpočtu na VaV zůstává složitým procesem. Nelze tak než doporučit, aby důkazní prostředky byly připravovány průběžně a s odborným dohledem.

---

Zdroj: Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. ledna 2025, sp. zn. 4 Afs 215/2024.