Právními předpisy je karanténa definována primárně jako oddělení zdravé fyzické osoby, která byla během inkubační doby ve styku s infekčním onemocněním nebo pobývala v ohnisku nákazy (fyzická osoba podezřelá z nákazy), od ostatních fyzických osob a lékařské vyšetřování takové fyzické osoby s cílem zabránit přenosu infekčního onemocnění v období, kdy by se toto onemocnění mohlo šířit. Dle ustanovení § 347 odst. 4 zákoníku práce se pro účely tohoto zákona karanténou rozumějí též "izolace a mimořádná opatření při epidemii a nebezpečí jejího vzniku podle zákona o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, jde-li o zákaz nebo omezení styku skupin fyzických osob podezřelých z nákazy s ostatními fyzickými osobami a o zákaz nebo nařízení další určité činnosti k likvidaci epidemie nebo nebezpečí jejího vzniku, brání-li tyto zákazy, omezení nebo nařízení zaměstnanci ve výkonu práce" (typicky v návaznosti na uzavření určitých oblastí).

O nařízení (trvání či ukončení) karantény rozhoduje orgán ochrany veřejného zdraví (primárně tedy krajské hygienické stanice) a praktický lékař coby poskytovatel zdravotních služeb. Zaměstnavatel takové právo nemá a mít nemůže. Pokud by proto z důvodu prevence nákazy nebo šíření koronaviru nechtěl zaměstnanci přidělovat práci, musí zvažovat jiný pracovněprávní nástroj.

Karanténa je dle ustanovení § 191 zákoníku práce důležitou osobní překážkou v práci na straně zaměstnance, a zaměstnavatel je tedy povinen omluvit nepřítomnost zaměstnance v zaměstnání. Hmotné zabezpečení zaměstnance v době karantény je stejné jako při uznání zaměstnance dočasně práceneschopným. Dle ustanovení § 192 odst. 1 a 2 zákoníku práce platí, že zaměstnanci, kterému byla nařízena karanténa a který splňuje zákonem stanovené podmínky co do účasti na nemocenském pojištění, přísluší v době prvních 14 kalendářních dnů trvání karantény náhrada mzdy nebo platu ve výši 60 % průměrného redukovaného výdělku, a to za dny, které jsou pro něho pracovními dny, a za svátky, za které by mu jinak poskytl zaměstnavatel náhradu mzdy nebo se mu plat nebo mzda nekrátí. Od 15. dne trvání karantény má zaměstnanec právo na nemocenské jako dávku nemocenského pojištění. To platí i pro případ, že zaměstnanec nemůže vykonávat práci v důsledku karantény nařízené v cizině, pokud jde o stát Evropské unie nebo stát, se kterým má Česká republika uzavřenu bilaterální smlouvu o sociálním zabezpečení.

Na základě zákona č. 121/2021 Sb., o mimořádném příspěvku zaměstnanci při nařízené karanténě, ve znění pozdějších předpisů, je zaměstnanci až na výjimky poskytován zaměstnavatelem během prvních 14 dnů karantény vedle náhrady ještě mimořádný příspěvek za kalendářní dny. Zatím je poskytování tohoto příspěvku omezeno na období do konce června 2021.