Ustanovení § 9 odst. 5 a § 15 odst. 1 vodního zákona jsou komplementární (doplňují se) a je třeba je vykládat (a aplikovat) společně, protože upravují z různých úhlů totožnou věc (odkazují do společného řízení v případě rozhodování o povolení k nakládání s vodami a o stavebním povolení, která, zjednodušeně řečeno, jedno bez druhého nemohou samostatně fungovat – nelze nakládat s vodami na základě povolení, když nebude existovat vodní dílo, jež takové nakládání umožní; obráceně pak platí, že nemůže být užíváno vodní dílo bez povolení k nakládání s vodami, pokud je k tomu třeba).

Uvedený postup bude nutné dodržet i v případě, kdy vodoprávní úřad zjistí nelegálně postavené vodní dílo sloužící k nakládání s vodami povolované podle § 8 vodního zákona. V rámci řízení o dodatečném povolení stavby (§ 129 odst. 3 stavebního zákona) bude třeba, aby byla podána žádost i o vydání příslušného povolení k nakládání s vodami, jinak nebude moci vodoprávní úřad vodní dílo dodatečně povolit, neboť by tím byl princip dvojí prevence porušen (§ 9 odst. 5, resp. § 15 odst. 1).

Společné řízení bude třeba v tomto smyslu vést také v případech, kdy vodoprávní úřad v souladu s § 107 odst. 1 stavebního zákona usnesením rozhodne (ve vztahu k ohlášenému stavebnímu záměru, tedy ohlášenému vodnímu dílu podle § 15a) o provedení stavebního řízení (blíže viz komentář k § 15a odst. 1).

O společné řízení se bude za splnění některé z podmínek podle § 140 správního řádu jednat ze zákona (srov. také § 115 odst. 11 vodního zákona).

O společné řízení se z logiky věci nebude jednat v případě již legálně existujících (povolených) vodních děl, u nichž se např. pouze původní povolení k nakládání s vodami nahrazuje povolením novým.

Vzájemná podmíněnost obou výroků společného rozhodnutí (výrok o povolení nakládání s vodami podle § 8 vodního zákona a výrok o povolení k provedení stavby vodního díla = stavební povolení podle § 15 odst. 1 vodního zákona) znamená, že právní moci mohou tyto výroky nabýt jen současně, a to i v případě podání odvolání jen do jednoho z nich (srov. § 140 odst. 7 poslední věta správního řádu).