Ustanovení § 29 odst. 2 vodního zákona upravuje náhradu škody způsobenou provozní činností, a to v podobě ztráty podzemní vody nebo podstatného snížení možnosti odběru ze zdroje podzemní vody, ale také v podobě zhoršení jakosti vody ve zdroji s tím, že obecná právní úprava náhrady škody obsažená v § 2924, § 2926 a v § 2951 an. občanského zákoníku (dále též „o. z.“) tímto ustanovením není dotčena. Náhrada má být poskytnuta oprávněnému (§ 8 odst. 2 vodního zákona) k odběru podzemní vody z dotčeného vodního zdroje. Vedle náhrady škody je v ustanovení zakotvena povinnost provést potřebná opatření k obnovení původního stavu, tedy de facto k zabránění dalšího zvyšování škody.

Provozní činnost je v souladu s judikaturou (srov. např. rozsudek NS, 25 Cdo 890/2000) definována jako činnost související s předmětem činnosti, zpravidla vymezeným ve zřizovací listině, v oprávnění k podnikatelské činnosti nebo živnostenském oprávnění, kterou fyzická nebo právnická osoba provozně vyvíjí. Ze zmíněného rozsudku NS však také vyplývá, že provozní činnost nemusí být vždy vymezena v předmětu činnosti, rozhodující je faktický stav. Může jít dokonce i o činnost nepovolenou.

Vodní zákon – oproti § 2924 o. z. – nevyžaduje splnění podmínky „výdělečnosti“ provozní činnosti. Škoda ve smyslu komentovaného ustanovení může být tedy způsobena provozní činností výdělečnou i nevýdělečnou.

Podle názoru NS vyjádřeného v rozhodnutí ze dne 26. srpna 2014, sp. zn. 25 Cdo 484/2013 (shodně např. rozhodnutí NS, 25 CDO 3113/2006) platí, že o škodu způsobenou provozní činností (fyzikálními, chemickými, popřípadě biologickými vlivy provozu na okolí) jde nejen v případě škodlivého působení provozu při jeho činnosti, ale i v případě provozního zařízení, jehož samotná existence v daném místě má škodlivý vliv na okolí. Skutečnost, zda je provoz aktivní či nikoliv, není tedy pro určení odpovědnosti za škodu vzniklou z provozní činnosti na okolí rozhodná. Při určování škody vzniklé vlivem provozní činnosti na okolí bude nicméně nutné vždy prokázat příčinnou souvislost mezi vznikem škody a předmětným provozem (k tomu srov. rozhodnutí NS, 25 Cdo 3636/2012).

Judikatura NS výslovně považuje za provozní činnost také provoz vodního díla (NS, 25 Cdo 1661/2012) nebo zemědělskou výrobu (NS, 25 Cdo 529/2006).

Za škodu způsobenou provozní činností odpovídá poškozenému provozovatel takové činnosti, a to bez ohledu na zavinění (úmysl, nedbalost), je-li škoda v příčinné souvislosti s provozní činností; jde tedy o objektivní odpovědnost. Poškozený při uplatňování svého nároku nemusí dokazovat porušení konkrétní právní povinnosti na straně provozovatele, ale jen to, že škoda byla vyvolána zvláštní povahou provozní činnosti; žalovaný se zároveň odpovědnosti nemůže zprostit tím, že by dokázal, že škodu nezavinil. Jestliže v daném případě vznik škody přivodil zčásti poškozený svým vlastním jednáním, resp. opomenutím, provozovatel se odpovědnosti zprostí v rozsahu, v jakém se na vzniku škody podílelo jednání poškozeného.

Podle vodního zákona náhrada spočívá primárně v opatření náhradního zdroje, a to například zřízením nové studny nebo zajištěním dodávky vody v případě dočasného omezení odběru či dočasného zhoršení jakosti. Takové řešení - je-li vůbec možné - však může být velmi zdlouhavé, a to též administrativně, a vyžaduje aktivitu samotného poškozeného, a to minimálně co se týče podání žádosti o povolení k odběru z náhradního zdroje. Výše škody tak může vzrůstat, zejména pokud došlo k znemožnění odběru pro provoz, který je na vodě závislý. Je otázkou, zda „zdlouhavost“ (nikoliv však nemožnost) lze podřadit pod „neúčelnost“, se kterou vedle faktické nemožnosti, ustanovení spojuje jednorázovou náhradu za snížení hodnoty nemovitého majetku.

Vzhledem k tomu, že zákon pro tyto situace nevylučuje působnost obecných předpisů o náhradě škody, tedy o. z., je třeba jednorázovou náhradu vykládat ve smyslu tohoto soukromoprávního předpisu. Občanský zákoník předpokládá jakožto prvotní způsob náhrady škody uvedení „do předešlého stavu“ (§ 2951), slovy vodního zákona se jedná o „provedení potřebných opatření k obnovení původního stavu“. Není-li toto možné, aplikuje se varianta zajištění „náhradního zdroje“, kterou vodní zákon v ustanovení předpokládá, a pokud ani tato alternativa není „možná či účelná“, uplatní se ustanovení o. z. a poškozenému má být poskytnuta jednorázová náhrada v penězích. Ve sporech o náhradu škody nebo o její výši rozhoduje soud. Tento způsob náhrady škody na podzemních vodách se použije také pro nápravu důlních škod na podzemních vodách podle § 37 odst. 2 horního zákona.