V případě, kdy se jedná o osobní údaje týkající se zdravotního stavu zaměstnance, jsou takovéto osobní údaje více chráněné, neboť se podle čl. 9 GDPR jedná o zvláštní kategorii osobních údajů. Zákon č. 110/2019 Sb., o zpracování osobních údajů, navíc ustanovením § 66 odst. 6 předchází případným rozporům a říká, že kde se v dosavadních právních předpisech používá pojem citlivý údaj nebo citlivý osobní údaj, rozumí se tím kromě jiného i údaj o zdravotním stavu.
Obecně u tohoto typu osobních údajů platí, že je jejich zpracování možné jen se souhlasem dotyčné osoby, pokud tu není dán jiný (výslovně uznaný) právní důvod k jejich zpracování.
Vzhledem k tomu, že v případě pracovněprávních vztahů upravuje tuto otázku současně i zákoník práce, který zakazuje zpracování zvláštní kategorie (citlivých) osobních údajů, pokud k tomu není dán důvod na základě zákona, nebo to nevyplývá z povahy vykonávané práce, je nezbytné si nejprve určit jaké údaje a na základě jakého dokumentu jsou zaměstnavateli o zdraví zaměstnance poskytovány.
Jedná-li se totiž v běžných situacích o lékařské posudky prokazující zdravotní způsobilost zaměstnance k práci, pak jde jen o plnění právních povinností zaměstnavatele, který je nejenže povinen ověřit zdravotní způsobilost zaměstnance k práci, ale současně také uchovávat lékařské posudky o zdravotní způsobilosti, které jsou mu ze zákona doručovány poskytovatelem pracovnělékařských služeb - navíc se z těchto posudků ani zaměstnavatel nedozví žádné podrobnosti o zdravotním stavu zaměstnance s výjimkou konstatování jeho zdravotní způsobilosti. V těchto případech proto postačí jen zaměstnance o takovém zpracování informovat (aniž by byl potřeba souhlas).
Pokud se již ale jedná o konkrétní lékařské zprávy, ze kterých vyplývá konkrétní údaje o zdravotním stavu zaměstnance - například právě o výpis ze zdravotnické dokumentace vedené registrujícím lékařem zaměstnance, zde již bude zásadně souhlas zaměstnance nezbytný (s výjimkou případů, kdy by tu byl dán jiný oprávněný zájem zaměstnavatele - například v souvislosti s projednáváním pracovního úrazu / nemoci z povolání a jejich dopadů na zdraví zaměstnance - a v této souvislosti jako potenciální právní nárok uplatnitelný před soudem).